比零击败曼联，第三次夺得冠军杯，并成为首支在一个赛季获得冠军杯、西甲与国王杯的三冠王球队。伊涅斯塔在比赛中助攻埃托奥首开纪录。2008-09赛季伊涅斯塔代表巴塞罗那在各项赛事中出场四十三次，打入五个进球。
2009年12月20日世俱杯决赛在阿联酋阿布扎比扎耶德体育城球场展开角逐，巴塞罗那经过加时赛二比一逆转南美解放者杯冠军拉普拉塔大学生，成为历史上首支一年内夺得六项冠军的球队。
2010年4月14日巴塞罗那俱乐部官方公布消息，伊涅斯塔因为右脚小腿肌肉撕裂而不得不休息一月之久。2009-10赛季受伤病影响，伊涅斯塔对球队的贡献有所减少，代表巴塞罗那在各项赛事中出场四十二次，打入一个进球。
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