然后加盟拜仁慕尼黑。
2007年9月26日，在拜仁慕尼黑以五比零战胜科特布斯的德甲联赛中，克罗斯在第七十二分钟替换泽·罗伯托登场，以十七岁又二百六十五天的年龄，创造了拜仁慕尼黑最年轻的球员联赛出场纪录。同时克罗斯在这场比赛中以两个助攻帮助拜仁完成了两粒进球。2007年10月4日在欧洲联盟杯拜仁客场对阵比兰伦斯的比赛中，克罗斯在第八十一分钟替换巴斯蒂安·施魏因施泰格上场，完成了自己的欧洲赛事首秀。2007年10月25日在联盟杯拜仁对阵贝尔格莱德红星的比赛中，克罗斯完成首个职业入球，并帮助拜仁以三比二逆转对手。2007年11月10日在拜仁客场对阵斯图加特的德甲比赛，克罗斯获得了首个首发出场的机会。
2008年1月18日克罗斯在度过十八岁生日不久便与拜仁续约，正式得到一份为期四年、有效日期到2012年6月30日的职业合同。
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