以后仅两场比赛后，2月2日范佩西对阵西汉姆联的比赛中伤势复发，这次他又不得不养伤一个多月，这个赛季里范佩西受伤病影响出场次数减少了，但是表现却有提升，出场三十八次打进了十一球。
2006-2007赛季范佩西成为了阿森纳的主力。范佩西在这个赛季前半段出勤率一直很高，他在阿森纳击败查尔顿的比赛中打进了一粒惊世骇俗的抽射。当时范佩西在禁区外接到了埃布埃的一个落点并不好的传中，快速调整了步伐，以一个非常规的起脚动作、左脚抽出了一个精彩的落叶球，直挂查尔顿队球门死角，这个进球在英超联赛的十几年历史里都可以称得上是经典。在2005年底到2006年初这段时间里范佩西状态极佳，在七场比赛里打进了六个球，这其中就包括阿森纳对阵曼联的重要比赛中，范佩西替补出场打进了扳平比赛的一球，帮助阿森纳在最后时刻逆转击败了曼联，然而也正是在这时，范佩西竟然在庆祝进球时跖骨骨折，被迫提前结束这个赛季。
2007年夏天阿森纳传奇球星亨利转投巴塞罗那，范佩西成为了阿森纳的核心射手。但就是这支年轻的阿森纳，却在范佩西和法布雷加斯等人的带领下在联赛中一路高歌猛进，范佩西在赛季开局的十三场比赛中打进了七球，并且有相当数量的助攻。2007年10月范佩西在参加荷兰国家队的比赛中膝盖受伤，被迫休息两个月。
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