2003年夏天他告别西乙赛场，加盟西甲中游球队萨拉戈萨。
来到级别更高的西甲联赛以后，他的进球率却依旧保持极高水准，2003-04赛季是他在西班牙甲级联赛中第一个赛季，他为萨拉戈萨打进十七球，在萨拉戈萨时比利亚两季内已平均每二点二八场入一球，为萨拉戈萨留下一份九十二战三十八球的数据。
2004年比利亚协助萨拉戈萨杀入西班牙杯决赛，决赛面对拥有齐达内、菲戈、贝克汉姆、罗伯托·卡洛斯等球星的皇家马德里，比利亚在下半场的初段被古蒂侵犯，博得点球，他亲自操刀为球队反超皇家马德里，最后以三比二成功夺冠而回。
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