可溯源至前六世纪。因其位于两条河流交汇处的地理位置，水上运输方便，为里昂的早期发展提供了条件。根据里昂西部的富维耶山高卢城遗址的发掘信息，部分历史学家推断，里昂可能为当时高卢人的首府，其人口数量甚至可能一度超过二十万。公元前恺撒的代表吕西·姆那提尤斯·普朗库占领了里昂，建立了卢格杜努姆，而这也是现代里昂城市的前身，但由于战乱此后近一千年间里昂的地位不断衰落，直到中世纪中期才逐渐恢复。
里昂俱乐部是首届法国足球甲级联赛成员之一，可惜名列第十五位而降落乙组，1951年以乙组联赛冠军获得创会后首次锦标。球队在法国足球史上没有取得辉煌成绩，比较优异的算是六十年代曾杀入欧洲杯赛冠军杯四强，及三度晋身法国杯决赛并两次成功获冠。
直至20世纪90年代末里昂由桑蒂尼带领，先连续取得联赛头三名，到2002年终于首次登上法国顶级联赛冠军宝座，同年勒冈接替执教法国国家足球队的桑蒂尼，他其后继续带领里昂保持气势，加上队中球员小儒尼尼奥、迪亚拉、克里斯蒂亚诺·马克斯·戈麦斯、迈克尔·埃辛、西德尼·戈武及门将格雷戈里·库佩表现突出，2003年至2005年横扫三届联赛冠军，创下连续四年夺得联赛锦标，平了1960年代末圣艾蒂安及1990年代初马赛的四连冠纪录。
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