新生儿都不会有太严重的症状——很多孩子会和他们的母亲一样，表现为隐匿感染。
但孕妇妊娠期感染如果再配合上早产儿，那结果就不一样了。巨细胞病毒本身会攻击肝脏和肺部，从而表现为严重的肝炎和呼吸窘迫综合征。可要命的是，无论是肝炎所表现出的黄疸，还是呼吸窘迫综合征表现出的低氧症状和三凹征，都和新生儿黄疸，以及早产儿肺表面活性物质不足所导致的肺不张症状一致。
等连着拖了十几天，患儿的黄疸还不见好转，而且呼吸困难仍然持续，医生们才有可能会考虑到巨细胞病毒感染上。而之后的免疫学检查也需要时间和设备才能进行。很多被确诊为巨细胞病毒感染的患儿，从发病到确诊，中间拖个一两周都是很常见的。
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