有明一朝，督抚大员始终是名义上的钦差大臣，代表朝廷驻节地方，抚境安民，监督三司。但自正统后，由于社会矛盾激化，权柄分立、推诿扯皮的三司显然已经不能胜任，必须要通过集权来提高官府的动员力，应对层出不穷的民变和叛乱。
于是督抚渐渐成为实际上的封疆大吏，一般各省都设有巡抚，统管一省之民政、司法、军事。在一些数省交界的要紧处，还设有特别巡抚，比如赣南巡抚、郧阳巡抚、辽东巡抚等。
相较而言，朝廷对总督的设置就慎重多了，因为此官权柄太重，手掌数省钱粮军事，设置太多会让朝廷不安的。除去当初为抗倭临时设立的浙直总督，为漕运专设的漕运总督外，全国只常设有四大总督——其中蓟辽总督、宣大总督、三边总督，都是专为防御蒙古而设。唯有两广总督在南边，为朝廷镇守纷乱的南疆。
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